Loading report..

Highlight Samples

Regex mode off

    Rename Samples

    Click here for bulk input.

    Paste two columns of a tab-delimited table here (eg. from Excel).

    First column should be the old name, second column the new name.

    Regex mode off

      Show / Hide Samples

      Regex mode off

        Export Plots

        px
        px
        X

        Download the raw data used to create the plots in this report below:

        Note that additional data was saved in multiqc_data when this report was generated.


        Choose Plots

        If you use plots from MultiQC in a publication or presentation, please cite:

        MultiQC: Summarize analysis results for multiple tools and samples in a single report
        Philip Ewels, Måns Magnusson, Sverker Lundin and Max Käller
        Bioinformatics (2016)
        doi: 10.1093/bioinformatics/btw354
        PMID: 27312411

        Save Settings

        You can save the toolbox settings for this report to the browser.


        Load Settings

        Choose a saved report profile from the dropdown box below:

        About MultiQC

        This report was generated using MultiQC, version 1.10

        You can see a YouTube video describing how to use MultiQC reports here: https://youtu.be/qPbIlO_KWN0

        For more information about MultiQC, including other videos and extensive documentation, please visit http://multiqc.info

        You can report bugs, suggest improvements and find the source code for MultiQC on GitHub: https://github.com/ewels/MultiQC

        MultiQC is published in Bioinformatics:

        MultiQC: Summarize analysis results for multiple tools and samples in a single report
        Philip Ewels, Måns Magnusson, Sverker Lundin and Max Käller
        Bioinformatics (2016)
        doi: 10.1093/bioinformatics/btw354
        PMID: 27312411

        A modular tool to aggregate results from bioinformatics analyses across many samples into a single report.

        Report generated on 2021-04-21, 13:38 based on data in: C:\Users\ChengXin\PycharmProjects\untitled\pmultiqc\test_data\UPS1\unique-peptides-target-only-star-align-stricter-pep-protein-FDR\proteomics_lfq


        ProteomicsLFQ

        proteomicslfq is an example module to show how the MultQC pluginm system works.

        Experimental Design

        This plot shows the Proteomics Experimental Design

        This plot shows the Proteomics Experimental Design. You can see details about it in https://abibuilder.informatik.uni-tuebingen.de/archive/openms/Documentation/release/latest/html/classOpenMS_1_1ExperimentalDesign.html

        Showing 27/27 rows and 6/6 columns.
        Spectra FileFraction_GroupFractionLabelSampleMSstats_ConditionMSstats_BioReplicate
        UPS1_12500amol_R1.mzML
        1
        1
        1
        1
        UPS1|12500 amol
        1
        UPS1_12500amol_R2.mzML
        2
        1
        1
        1
        UPS1|12500 amol
        1
        UPS1_12500amol_R3.mzML
        3
        1
        1
        1
        UPS1|12500 amol
        1
        UPS1_125amol_R1.mzML
        4
        1
        1
        2
        UPS1|125 amol
        2
        UPS1_125amol_R2.mzML
        5
        1
        1
        2
        UPS1|125 amol
        2
        UPS1_125amol_R3.mzML
        6
        1
        1
        2
        UPS1|125 amol
        2
        UPS1_25000amol_R1.mzML
        7
        1
        1
        3
        UPS1|25000 amol
        3
        UPS1_25000amol_R2.mzML
        8
        1
        1
        3
        UPS1|25000 amol
        3
        UPS1_25000amol_R3.mzML
        9
        1
        1
        3
        UPS1|25000 amol
        3
        UPS1_2500amol_R1.mzML
        10
        1
        1
        4
        UPS1|2500 amol
        4
        UPS1_2500amol_R2.mzML
        11
        1
        1
        4
        UPS1|2500 amol
        4
        UPS1_2500amol_R3.mzML
        12
        1
        1
        4
        UPS1|2500 amol
        4
        UPS1_250amol_R1.mzML
        13
        1
        1
        5
        UPS1|250 amol
        5
        UPS1_250amol_R2.mzML
        14
        1
        1
        5
        UPS1|250 amol
        5
        UPS1_250amol_R3.mzML
        15
        1
        1
        5
        UPS1|250 amol
        5
        UPS1_50000amol_R1.mzML
        16
        1
        1
        6
        UPS1|50000 amol
        6
        UPS1_50000amol_R2.mzML
        17
        1
        1
        6
        UPS1|50000 amol
        6
        UPS1_50000amol_R3.mzML
        18
        1
        1
        6
        UPS1|50000 amol
        6
        UPS1_5000amol_R1.mzML
        19
        1
        1
        7
        UPS1|5000 amol
        7
        UPS1_5000amol_R2.mzML
        20
        1
        1
        7
        UPS1|5000 amol
        7
        UPS1_5000amol_R3.mzML
        21
        1
        1
        7
        UPS1|5000 amol
        7
        UPS1_500amol_R1.mzML
        22
        1
        1
        8
        UPS1|500 amol
        8
        UPS1_500amol_R2.mzML
        23
        1
        1
        8
        UPS1|500 amol
        8
        UPS1_500amol_R3.mzML
        24
        1
        1
        8
        UPS1|500 amol
        8
        UPS1_50amol_R1.mzML
        25
        1
        1
        9
        UPS1|50 amol
        9
        UPS1_50amol_R2.mzML
        26
        1
        1
        9
        UPS1|50 amol
        9
        UPS1_50amol_R3.mzML
        27
        1
        1
        9
        UPS1|50 amol
        9

        Summary Table

        This plot shows the ProteomicsLFQ pipeline summary statistics

        This plot shows the ProteomicsLFQ pipeline summary statistics

        Showing 1/1 rows and 4/4 columns.
        Total MS/MS SpectralTotal MS/MS Spectral IdentifiedIdentified MS/MS Spectral CoverageTotal Peptide CountTotal Protein Identified
        1035348
        402297
        38.86%
        8641
        1141

        Pipeline Result Statistics

        This plot shows the ProteomicsLFQ pipeline final result

        This plot shows the ProteomicsLFQ pipeline final result. Including Sample Name、Possible Study Variables、identified the number of peptide in the pipeline、 and identified the number of modified peptide in the pipeline, eg.

        Showing 27/27 rows and 6/6 columns.
        Spectra FileSample Nameconditionfractionpeptide_nummodified_peptide_numprotein_num
        UPS1_12500amol_R1.mzML
        1
        UPS1|12500 amol
        1
        3775
        488
        864
        UPS1_12500amol_R2.mzML
        1
        UPS1|12500 amol
        1
        3815
        485
        855
        UPS1_12500amol_R3.mzML
        1
        UPS1|12500 amol
        1
        3813
        462
        864
        UPS1_125amol_R1.mzML
        2
        UPS1|125 amol
        1
        3969
        474
        831
        UPS1_125amol_R2.mzML
        2
        UPS1|125 amol
        1
        3941
        452
        851
        UPS1_125amol_R3.mzML
        2
        UPS1|125 amol
        1
        3792
        477
        834
        UPS1_25000amol_R1.mzML
        3
        UPS1|25000 amol
        1
        3914
        524
        869
        UPS1_25000amol_R2.mzML
        3
        UPS1|25000 amol
        1
        3671
        483
        841
        UPS1_25000amol_R3.mzML
        3
        UPS1|25000 amol
        1
        3812
        503
        846
        UPS1_2500amol_R1.mzML
        4
        UPS1|2500 amol
        1
        3544
        429
        814
        UPS1_2500amol_R2.mzML
        4
        UPS1|2500 amol
        1
        3629
        440
        818
        UPS1_2500amol_R3.mzML
        4
        UPS1|2500 amol
        1
        3597
        435
        834
        UPS1_250amol_R1.mzML
        5
        UPS1|250 amol
        1
        3783
        445
        816
        UPS1_250amol_R2.mzML
        5
        UPS1|250 amol
        1
        3734
        452
        834
        UPS1_250amol_R3.mzML
        5
        UPS1|250 amol
        1
        3875
        459
        848
        UPS1_50000amol_R1.mzML
        6
        UPS1|50000 amol
        1
        3971
        578
        821
        UPS1_50000amol_R2.mzML
        6
        UPS1|50000 amol
        1
        3923
        559
        816
        UPS1_50000amol_R3.mzML
        6
        UPS1|50000 amol
        1
        4020
        581
        828
        UPS1_5000amol_R1.mzML
        7
        UPS1|5000 amol
        1
        3666
        444
        832
        UPS1_5000amol_R2.mzML
        7
        UPS1|5000 amol
        1
        3653
        424
        833
        UPS1_5000amol_R3.mzML
        7
        UPS1|5000 amol
        1
        3384
        360
        802
        UPS1_500amol_R1.mzML
        8
        UPS1|500 amol
        1
        3684
        458
        814
        UPS1_500amol_R2.mzML
        8
        UPS1|500 amol
        1
        3684
        445
        827
        UPS1_500amol_R3.mzML
        8
        UPS1|500 amol
        1
        3666
        456
        817
        UPS1_50amol_R1.mzML
        9
        UPS1|50 amol
        1
        4524
        550
        893
        UPS1_50amol_R2.mzML
        9
        UPS1|50 amol
        1
        4161
        533
        871
        UPS1_50amol_R3.mzML
        9
        UPS1|50 amol
        1
        4098
        508
        847

        Number of Peptides Per Proteins

        This plot shows the number of peptides per proteins in ProteomicsLFQ pipeline final result

        This longer description explains what exactly the numbers mean and supports markdown formatting. This means that we can do this:

        • Something important
        • Something else important
        • Best of all - some code

        Doesn't matter if this is copied from documentation - makes it easier for people to find quickly.

        loading..

        Quantification Result

        This plot shows the quantification information of peptidesin ProteomicsLFQ pipeline final result

        This longer description explains what exactly the numbers mean and supports markdown formatting. This means that we can do this:

        • Something important
        • Something else important
        • Best of all - some code

        Doesn't matter if this is copied from documentation - makes it easier for people to find quickly.

        Showing 50/50 rows and 28/28 columns.
        IDsequencepeptide_abundance_study_variable[1]peptide_abundance_study_variable[2]peptide_abundance_study_variable[3]peptide_abundance_study_variable[4]peptide_abundance_study_variable[5]peptide_abundance_study_variable[6]peptide_abundance_study_variable[7]peptide_abundance_study_variable[8]peptide_abundance_study_variable[9]peptide_abundance_study_variable[10]peptide_abundance_study_variable[11]peptide_abundance_study_variable[12]peptide_abundance_study_variable[13]peptide_abundance_study_variable[14]peptide_abundance_study_variable[15]peptide_abundance_study_variable[16]peptide_abundance_study_variable[17]peptide_abundance_study_variable[18]peptide_abundance_study_variable[19]peptide_abundance_study_variable[20]peptide_abundance_study_variable[21]peptide_abundance_study_variable[22]peptide_abundance_study_variable[23]peptide_abundance_study_variable[24]peptide_abundance_study_variable[25]peptide_abundance_study_variable[26]peptide_abundance_study_variable[27]
        1
        YPDIFPVMK
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        1535284.750000
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        342402.593750
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        2
        KSNHNSHSSK
        nan
        42420.906250
        nan
        nan
        70434.921875
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        50755.507812
        nan
        nan
        29812.269531
        nan
        nan
        nan
        nan
        93155.328125
        nan
        nan
        nan
        35206.242188
        nan
        112332.296875
        99649.265625
        3
        KPASASSSSHGTTHSSASSTGSK
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        435562.343750
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        4
        KHTQHK
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        811296.062500
        785461.750000
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        5
        HEDVHR
        109476.726562
        nan
        nan
        632598.875000
        662993.062500
        1091003.375000
        nan
        328236.750000
        nan
        1680056.750000
        1153819.250000
        446417.531250
        566792.000000
        1124837.375000
        977686.187500
        nan
        nan
        nan
        1343889.875000
        1077575.000000
        562681.375000
        964812.312500
        747470.312500
        832758.500000
        nan
        nan
        nan
        6
        HHNEGTVSK
        464123.750000
        nan
        nan
        nan
        402090.062500
        485311.312500
        nan
        651087.812500
        237535.671875
        2713108.750000
        573661.125000
        372533.343750
        1618076.500000
        432238.968750
        1083781.000000
        nan
        nan
        nan
        476860.250000
        548713.750000
        977519.750000
        1081845.500000
        1087621.750000
        380893.656250
        nan
        nan
        nan
        7
        ITTTQHASKPK
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        1241169.000000
        nan
        nan
        nan
        203706.156250
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        97597.937500
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        8
        YDSTHGR
        1101987.500000
        1116074.250000
        1093054.125000
        nan
        nan
        nan
        947414.437500
        1522625.375000
        1230558.125000
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        1319410.125000
        1354251.625000
        1361846.000000
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        9
        VLHHEK
        nan
        nan
        nan
        nan
        580918.437500
        928945.062500
        nan
        nan
        nan
        6174850.500000
        985525.937500
        nan
        5265836.000000
        1151918.125000
        1047077.687500
        nan
        nan
        nan
        1170664.750000
        837530.812500
        nan
        1252125.625000
        1044594.000000
        nan
        nan
        nan
        nan
        10
        KHGGPKDEER
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        2035890.750000
        1995005.125000
        1970660.000000
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        11
        HALHGTAK
        524372.312500
        nan
        nan
        778834.875000
        1103923.375000
        1968413.750000
        nan
        1710349.625000
        549949.687500
        4922262.000000
        2239081.750000
        1141936.750000
        4973347.500000
        2723031.750000
        1971762.375000
        nan
        nan
        nan
        2989128.000000
        2108014.000000
        1334594.125000
        2953708.250000
        2423831.250000
        2107135.750000
        nan
        nan
        nan
        12
        GMAGGQHHHR
        nan
        nan
        nan
        177070.359375
        139076.796875
        111180.023438
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        112377.156250
        126382.992188
        nan
        710121.500000
        1072558.000000
        299415.343750
        nan
        nan
        nan
        118663.515625
        161408.109375
        100469.937500
        2693810.750000
        3712512.500000
        3014100.250000
        13
        GHDSADHASQNSGGKPR
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        345763.156250
        425023.437500
        nan
        nan
        1005388.437500
        nan
        nan
        nan
        828039.312500
        391210.718750
        183642.406250
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        14
        SKNHTAHNQTR
        nan
        nan
        nan
        553591.375000
        200473.203125
        521646.531250
        nan
        nan
        232103.875000
        nan
        nan
        nan
        146595.531250
        383421.718750
        367374.375000
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        412287.625000
        nan
        385541.531250
        2458360.750000
        1704870.875000
        799480.937500
        15
        DTTHIK
        nan
        nan
        10260595.000000
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        16
        HAHGDQYK
        2280078.250000
        2695646.500000
        4144258.250000
        2927984.500000
        717448.062500
        569066.687500
        3825071.250000
        1729560.750000
        1348484.250000
        417204.093750
        1329214.750000
        1609287.375000
        1103151.000000
        716054.062500
        1458333.000000
        691154.125000
        231055.265625
        nan
        1249660.250000
        1550489.875000
        1554793.125000
        1213144.375000
        879403.750000
        1199378.125000
        nan
        1132017.375000
        2143645.500000
        17
        HIDAGAKK
        1032032.437500
        nan
        nan
        4259017.500000
        5748595.500000
        8919048.000000
        nan
        3209053.000000
        4017641.250000
        6444793.000000
        2457546.250000
        1129948.000000
        20178290.000000
        11155031.000000
        7866368.500000
        nan
        nan
        nan
        2460415.250000
        1853720.500000
        1162547.875000
        10095528.000000
        8613210.000000
        7369748.000000
        nan
        nan
        nan
        18
        TVDGPSHK
        1107416.000000
        1094882.500000
        1106273.875000
        nan
        nan
        nan
        1047103.625000
        1834514.375000
        1503664.125000
        nan
        nan
        975960.187500
        nan
        nan
        nan
        1482506.000000
        1408446.875000
        1444747.250000
        nan
        973444.812500
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        312946.656250
        19
        KSCHTAVDR
        795135.937500
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        20
        HLKSEDEMK
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        361571.281250
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        146740.046875
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        21
        YKGTVSHDDK
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        661413.437500
        nan
        nan
        nan
        2007406.750000
        339409.531250
        nan
        1841758.250000
        417697.593750
        nan
        nan
        nan
        nan
        409709.906250
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        22
        TAAHTHIK
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        823045.125000
        nan
        nan
        nan
        1656830.500000
        nan
        nan
        1357036.625000
        833695.687500
        nan
        nan
        nan
        nan
        1094428.000000
        699706.375000
        703354.187500
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        23
        KRPVPK
        4096939.250000
        1771598.000000
        nan
        5403828.500000
        13136981.000000
        18317704.000000
        1588964.250000
        9759575.000000
        3039966.000000
        25647244.000000
        7801262.000000
        6247166.500000
        22657700.000000
        23035096.000000
        18708216.000000
        nan
        nan
        nan
        7269465.500000
        6782982.500000
        nan
        20169610.000000
        21772338.000000
        17229828.000000
        nan
        nan
        nan
        24
        KKDDVVK
        667884.000000
        nan
        nan
        1518363.250000
        1578742.250000
        nan
        nan
        1583934.625000
        587978.312500
        nan
        3726161.250000
        1094901.500000
        nan
        3285925.500000
        2673467.750000
        nan
        nan
        nan
        2214772.500000
        1921190.750000
        nan
        nan
        nan
        2628283.750000
        nan
        nan
        nan
        25
        VHGEEDPTKK
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        409504.812500
        nan
        nan
        711285.312500
        nan
        nan
        520567.531250
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        26
        KDKEACVHK
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        805342.562500
        697646.375000
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        27
        GNAFLDIK
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        514988.437500
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        28
        DKSEAPKEEAGETNK
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        1187067.750000
        790827.687500
        572823.500000
        1017232.750000
        nan
        888972.875000
        nan
        nan
        nan
        852340.687500
        770119.000000
        552103.500000
        nan
        623865.750000
        nan
        nan
        nan
        nan
        29
        AQNEFDDLIAAQQNAINR
        nan
        453164.656250
        nan
        nan
        907825.812500
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        30
        KLSEESKR
        1026789.250000
        nan
        342705.750000
        803030.250000
        938430.375000
        1053787.000000
        376283.156250
        1318315.000000
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        1285631.250000
        1249455.500000
        nan
        nan
        nan
        nan
        1028740.187500
        nan
        1174728.000000
        1337265.875000
        1315115.375000
        nan
        nan
        nan
        31
        KKAPAGGAADAAAK
        627051.437500
        488833.562500
        220769.015625
        1273792.500000
        1291778.375000
        1548640.750000
        405325.031250
        1684237.500000
        862098.062500
        1761354.625000
        1235612.250000
        979589.812500
        2235350.750000
        1610879.125000
        1233862.000000
        nan
        nan
        nan
        2201255.750000
        1279841.000000
        849178.000000
        1704349.750000
        1617460.500000
        1991755.625000
        nan
        nan
        291959.906250
        32
        KKAPAGGAADAAAK
        1599213.250000
        1170798.875000
        792742.625000
        2301550.750000
        2846155.000000
        3086109.000000
        1110898.250000
        3001132.750000
        1383964.500000
        4161654.500000
        2870802.750000
        2281553.500000
        3831100.000000
        3462922.500000
        2961193.750000
        nan
        nan
        nan
        3197624.500000
        3161641.000000
        2552778.750000
        4262905.500000
        3194209.500000
        3614427.250000
        nan
        nan
        nan
        33
        MYTSMGGIEPKELFVVGK
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        1019055.875000
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        34
        TNLANNKKPEK
        nan
        nan
        nan
        nan
        242056.562500
        nan
        nan
        nan
        nan
        256866.000000
        nan
        nan
        401173.437500
        250875.515625
        nan
        nan
        nan
        nan
        104897.625000
        nan
        nan
        nan
        225022.109375
        nan
        nan
        nan
        nan
        35
        YKGTVSHDDK
        nan
        nan
        nan
        536344.687500
        628485.125000
        891673.750000
        nan
        227097.421875
        nan
        1574141.375000
        308576.687500
        729487.812500
        1385474.875000
        994529.250000
        766715.375000
        nan
        nan
        nan
        448553.906250
        300968.875000
        nan
        803444.750000
        674408.500000
        727399.437500
        nan
        nan
        nan
        36
        RKPVTEAR
        7745268.500000
        6563301.000000
        3275418.750000
        nan
        nan
        nan
        14163414.000000
        15999148.000000
        23497936.000000
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        6048500.000000
        1994620.875000
        711268.062500
        nan
        nan
        1003286.312500
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        37
        DKAETLKK
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        3896208.750000
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        1649725.750000
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        38
        MEAALTMDMLATDLADYLVR
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        903538.937500
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        39
        GHVDSHVR
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        8509713.000000
        4905183.000000
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        40
        YITTWENEFLDSQR
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        3381872.250000
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        41
        KEGLDGHR
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        508388.531250
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        42
        TVDKPVGSSHAQEK
        1087654.000000
        nan
        712078.062500
        nan
        nan
        nan
        809408.625000
        4070167.500000
        1229225.250000
        nan
        nan
        2519071.500000
        nan
        3156083.250000
        nan
        638375.562500
        nan
        nan
        nan
        nan
        1794375.750000
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        43
        MYTSMGGIEPKELFVVGK
        1014291.375000
        nan
        nan
        nan
        nan
        1312638.875000
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        1069588.125000
        nan
        1389739.875000
        1151548.375000
        nan
        nan
        nan
        1124897.875000
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        44
        HAEHIK
        12998028.000000
        3371087.250000
        2469402.250000
        8356236.000000
        9643225.000000
        10859275.000000
        2899025.500000
        15009988.000000
        4527445.000000
        12764215.000000
        3435167.500000
        9207178.000000
        12259855.000000
        12555073.000000
        8108705.000000
        411986.156250
        nan
        nan
        5342498.000000
        9926602.000000
        5128991.000000
        12793681.000000
        12395506.000000
        8904352.000000
        nan
        408263.031250
        3315672.750000
        45
        ISIFYNDPVSSLSFEPSEK
        5685108.500000
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        46
        HIDAGAK
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        3250921.000000
        2881278.250000
        2878214.250000
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        47
        HFHTHKPAR
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        496860.156250
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        48
        SKNHTAHNQTR
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        1198599.125000
        nan
        nan
        49
        ISIFYNDPVSSLSFEPSEK
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        2012215.750000
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        2248239.250000
        nan
        nan
        nan
        50
        NQEKEQEEQQQQEGHNNKEEHK
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        nan
        980375.875000
        nan
        nan
        First Page Previous PageNext Page Last PagePage/Total Pages

        Peptide-Spectrum Matches

        This plot shows the PSM informationin ProteomicsLFQ pipeline final result

        This longer description explains what exactly the numbers mean and supports markdown formatting. This means that we can do this:

        • Something important
        • Something else important
        • Best of all - some code

        Doesn't matter if this is copied from documentation - makes it easier for people to find quickly.

        Showing 50/50 rows and 3/3 columns.
        PSM_IDsequenceuniquesearch_engine_score[1]
        0
        YPDIFPVMK
        1
        0.020432400
        1
        YPDIFPVMK
        1
        0.049212900
        2
        KSNHNSHSSK
        1
        0.005596630
        3
        KSNHNSHSSK
        1
        0.001955450
        4
        KSNHNSHSSK
        1
        0.002299490
        5
        KSNHNSHSSK
        1
        0.000369168
        6
        KSNHNSHSSK
        1
        0.075574400
        7
        KSNHNSHSSK
        1
        0.000709643
        8
        KSNHNSHSSK
        1
        0.001452470
        9
        KSNHNSHSSK
        1
        0.001572540
        10
        KPASASSSSHGTTHSSASSTGSK
        1
        0.000000035
        11
        KHTQHK
        0
        0.011284000
        12
        KHTQHK
        0
        0.011084400
        13
        HEDVHR
        1
        0.000337860
        14
        HEDVHR
        1
        0.002171290
        15
        HEDVHR
        1
        0.000395317
        16
        HEDVHR
        1
        0.001292100
        17
        HEDVHR
        1
        0.001041510
        18
        HEDVHR
        1
        0.007875650
        19
        HEDVHR
        1
        0.000956745
        20
        HEDVHR
        1
        0.000783561
        21
        HEDVHR
        1
        0.001100610
        22
        HEDVHR
        1
        0.000617042
        23
        HEDVHR
        1
        0.001782390
        24
        HEDVHR
        1
        0.002193120
        25
        HEDVHR
        1
        0.002604750
        26
        HEDVHR
        1
        0.001791710
        27
        HEDVHR
        1
        0.002509710
        28
        HEDVHR
        1
        0.004418400
        29
        HEDVHR
        1
        0.000600523
        30
        HHNEGTVSK
        1
        0.000133779
        31
        HHNEGTVSK
        1
        0.000005448
        32
        HHNEGTVSK
        1
        0.000172128
        33
        HHNEGTVSK
        1
        0.000006248
        34
        HHNEGTVSK
        1
        0.000443889
        35
        HHNEGTVSK
        1
        0.000074277
        36
        HHNEGTVSK
        1
        0.000077329
        37
        HHNEGTVSK
        1
        0.000097670
        38
        HHNEGTVSK
        1
        0.000047111
        39
        HHNEGTVSK
        1
        0.000003528
        40
        HHNEGTVSK
        1
        0.000041733
        41
        HHNEGTVSK
        1
        0.000058530
        42
        HHNEGTVSK
        1
        0.000005865
        43
        HHNEGTVSK
        1
        0.030330400
        44
        HHNEGTVSK
        1
        0.000059593
        45
        HHNEGTVSK
        1
        0.000014703
        46
        HHNEGTVSK
        1
        0.000206862
        47
        ITTTQHASKPK
        1
        0.001343850
        48
        ITTTQHASKPK
        1
        0.000170746
        49
        ITTTQHASKPK
        1
        0.000105876
        First Page Previous PageNext Page Last PagePage/Total Pages

        Spectra Tracking

        This plot shows the ProteomicsLFQ pipeline mzML tracking

        This longer description explains what exactly the numbers mean and supports markdown formatting. This means that we can do this:

        • Something important
        • Something else important
        • Best of all - some code

        Doesn't matter if this is copied from documentation - makes it easier for people to find quickly.

        Showing 27/27 rows and 6/6 columns.
        Spectra FileMS1_NumMS2_NumMSGFCometFinal result of spectraFinal result of Peptides
        UPS1_12500amol_R1.mzML
        7012
        39718
        26747
        26156
        15281
        4190
        UPS1_12500amol_R2.mzML
        6976
        39682
        26736
        26338
        15382
        4230
        UPS1_12500amol_R3.mzML
        6962
        39782
        26484
        26148
        15093
        4215
        UPS1_125amol_R1.mzML
        7277
        36802
        26205
        25778
        15086
        4389
        UPS1_125amol_R2.mzML
        7302
        36813
        25925
        25574
        14816
        4364
        UPS1_125amol_R3.mzML
        7306
        36871
        25809
        25470
        14424
        4204
        UPS1_25000amol_R1.mzML
        6836
        40856
        26907
        26481
        15840
        4298
        UPS1_25000amol_R2.mzML
        7018
        40512
        26684
        26116
        15244
        4045
        UPS1_25000amol_R3.mzML
        6973
        40439
        26849
        26242
        15712
        4194
        UPS1_2500amol_R1.mzML
        7269
        37482
        26117
        25603
        14596
        3936
        UPS1_2500amol_R2.mzML
        7247
        37556
        26193
        25775
        14663
        4025
        UPS1_2500amol_R3.mzML
        7211
        37739
        26067
        25376
        14169
        3992
        UPS1_250amol_R1.mzML
        7291
        36884
        26390
        25928
        15415
        4199
        UPS1_250amol_R2.mzML
        7275
        36887
        25977
        25394
        14587
        4139
        UPS1_250amol_R3.mzML
        7259
        37111
        26640
        26211
        15605
        4305
        UPS1_50000amol_R1.mzML
        6786
        41833
        26988
        26463
        15600
        4336
        UPS1_50000amol_R2.mzML
        6805
        41653
        26331
        26019
        14886
        4296
        UPS1_50000amol_R3.mzML
        6815
        41665
        26629
        26197
        15382
        4397
        UPS1_5000amol_R1.mzML
        7213
        37918
        26405
        25772
        14963
        4071
        UPS1_5000amol_R2.mzML
        7195
        38046
        26592
        26035
        15292
        4063
        UPS1_5000amol_R3.mzML
        7200
        38052
        26599
        25942
        13393
        3747
        UPS1_500amol_R1.mzML
        7314
        37009
        26350
        25905
        15228
        4093
        UPS1_500amol_R2.mzML
        7254
        37492
        26662
        26095
        15298
        4095
        UPS1_500amol_R3.mzML
        7288
        37342
        26426
        25873
        15003
        4070
        UPS1_50amol_R1.mzML
        7302
        36443
        25069
        24949
        13636
        4966
        UPS1_50amol_R2.mzML
        7336
        36416
        25251
        24910
        13619
        4590
        UPS1_50amol_R3.mzML
        7351
        36345
        25493
        25073
        14084
        4506

        Distribution of precursor charges

        This is a bar chart representing the distribution of the precursor ion charges for a given whole experiment.

        This information can be used to identify potential ionization problems including many 1+ charges from an ESI ionization source or an unexpected distribution of charges. MALDI experiments are expected to contain almost exclusively 1+ charged ions. An unexpected charge distribution may furthermore be caused by specific search engine parameter settings such as limiting the search to specific ion charges.

        loading..

        Number of Peaks per MS/MS spectrum

        This chart represents a histogram containing the number of peaks per MS/MS spectrum in a given experiment. This chart assumes centroid data. Too few peaks can identify poor fragmentation or a detector fault, as opposed to a large number of peaks representing very noisy spectra. This chart is extensively dependent on the pre-processing steps performed to the spectra (centroiding, deconvolution, peak picking approach, etc).

        loading..

        Peak Intensity Distribution

        This is a histogram representing the ion intensity vs. the frequency for all MS2 spectra in a whole given experiment. It is possible to filter the information for all, identified and unidentified spectra. This plot can give a general estimation of the noise level of the spectra.

        Generally, one should expect to have a high number of low intensity noise peaks with a low number of high intensity signal peaks. A disproportionate number of high signal peaks may indicate heavy spectrum pre-filtering or potential experimental problems. In the case of data reuse this plot can be useful in identifying the requirement for pre-processing of the spectra prior to any downstream analysis. The quality of the identifications is not linked to this data as most search engines perform internal spectrum pre-processing before matching the spectra. Thus, the spectra reported are not necessarily pre-processed since the search engine may have applied the pre-processing step internally. This pre-processing is not necessarily reported in the experimental metadata.

        loading..

        Delta Mass

        This chart represents the distribution of the relative frequency of experimental precursor ion mass (m/z) - theoretical precursor ion mass (m/z).

        Mass deltas close to zero reflect more accurate identifications and also that the reporting of the amino acid modifications and charges have been done accurately. This plot can highlight systematic bias if not centered on zero. Other distributions can reflect modifications not being reported properly. Also it is easy to see the different between the target and the decoys identifications.

        loading..